Tlaxcala, Tlax. En noviembre de 2015, poco más de un año después de la desaparición de 43 estudiantes de la escuela normal rural «Raúl Isidro Burgos» en Ayotzinapa, Guerrero, José Aaron Pérez Carro fue nombrado por la entonces Procuradora General de la República, Arely Gómez como director de la unidad de investigación del caso y presentado ante los padres de los estudiantes desaparecidos.
De acuerdo al Informe Ayotzinapa II: Avances y nuevas conclusiones sobre la investigación, búsqueda y atención a las víctimas, del Grupo Interdisciplinario de Expertos Independientes (GIEI), fue propuesto en noviembre un nuevo grupo de investigación integrado por el entonces subprocurador de Derechos Humanos de la PGR del cual José Aaron Pérez Carro fue Secretario Técnico.
Sin embargo, supuestamente Pérez Carro colaboraría en las investigaciones en conjunto con el GIEI, peritos y ministerios públicos de la PGR, empero el Informe Ayotzinapa, señala: «Si bien los meses de noviembre y diciembre se logró empezar a avanzar en las líneas de investigación, a partir del mes de enero distintas situaciones obstaculizaron el trabajo» es decir, en el momento en el que se desarrollaban las investigaciones, el ahora secretario de gobierno de Tlaxcala, estaba implicado.
El mencionado informe, mismo que está disponible para su descarga en Internet, hace hincapié en que las autoridades limitaron el avance de la investigación al GIEI ya que este no contó con independencia, ni la información necesaria «para realizar adecuadamente su trabajo».
Esto es que el grupo donde estuvo integrado el Secretario de Gobierno, fue el que obstaculizó en su momento el avance del GIEI, esto a pesar de que los informes 1 y 2 sobre el caso Ayotzinapa, no hacen mención alguna al nombre del funcionario tlaxcalteca.

